Islam je na delu Balkanskog poluostrva počeo da se širi uporedo sa osmanskim osvajanjima krajem XIV i u XV veku. Posle pada srednjovekovne srpske države pod osmansku vlast, islamska vera je vremenom preovladala u pojedinim oblastima Balkana.
Etnički raznolika islamska zajednica Srbije je uglavnom nastajala dugotrajnim procesom islamizacije lokalnog slovenskog življa i doseljavanjem Turaka i drugih muslimana s istoka. Osvajanje Beograda 1521.godine od strane Osmanlija označava prelomni trenutak u istoriji Beograda,kada uvećanjem broja muslimanskog stanovništva, počinje izgradnja islamskih verskih objekata.Islamski vernici na molitvi u Bajrakli džamiji
Izuzimajući tri perioda, kada su Beograd osvajali Austrijanci ( 1688-1690. 1717-1739.i 1789-1791.godine ) većinsko stanovništvo do sredine XIX veka predstavljali su muslimani, što je uslovilo izgradnju velikog broja islamskih verskih objekata.
Ukazom kneza Mihaila Obrenovića i Državnog saveta 1868. godine, muslimanima u Srbiji zvanično je priznata sloboda ispovedanja islama što označava početak konstituisanja Islamske verske zajednice na prostoru Srbije. Posle Berlinskog kongresa 1878. godine zvanično je uspostavljena organizacija Islamske verske zajednice unutar Srbije na čelu sa muftijom (predstavnik verske vlasti i pravosudni tumač islamskog zakona) u Nišu.
Posle Prvog svetskog rata, u Kraljevini SHS centar Vrhovnog muftijstva i vrhovnog muftije premešten je iz Niša u Beograd. Položaj islama kao vere utvrđen je u novoj državi Vidovdanskim ustavom usvojenim 28. juna 1921. godine.
Zakonom o Islamskoj verskoj zajednici Kraljevine Jugoslavije od 30. januara 1930. godine, potvrđeno je jedinstvo islamske zajednice uspostavljanjem funkcije reis-ul-ulema -vrhovnog poglavara Islamske zajednice jedne države. Promenom ovog zakona 1936. godine ukinuta su muftijstva i sedište reis-ul-uleme premešteno je iz Beograda u Sarajevo.
Posle Drugog svetskog rata usledilo je novo organizovanje Islamske zajednice i njeno prilagođavanje novonastalim prilikama. Islamska zajednica Srbije funkcionisala je u okviru Vrhovnog Starešinstva Islamske zajednice Jugoslavije sa sedištem u Prištini.
Raspadom SFRJ došlo je i do reorganizacije Islamske zajednice Srbije koja se konstituiše na Saboru u Nišu 1994. godine kada dolazi i do formiranja Beogradske islamske srednje medrese-islamske škole.
Islamska zajednica Srbije danas je vrhovno telo svih muslimana na teritoriji Srbije organizovana u Rijaset (glavno izvršno telo islamskih zajednica u regionu Balkana). Rijaset islamske zajednice Srbije podeljen je na danas na tri oblasti: srbijanski, sandžački i preševski.
